Các cơ quan do Ngô Đình Diệm lập ra như Đảng Cần Lao, Sở Nghiên cứu Chính trị, Lực lượng Đặc biệt, 4 cơ quan Mật vụ Công an, Phong trào Cách mạng Quốc gia, Thanh Niên Cộng hòa, Phụ nữ Liên đớì, các xóm Đạo võ trang… tất cả đều tê liệt rồi tan rã không một phản ứng. Cả cấu trúc chính trị mà họ Ngô xây dựng trong 9 năm đã sụp đổ trong 24 tiếng đồng hồ.

Sách giáo khoa lịch sử của Đệ Nhị Việt Nam Cộng hòa (Quốc sử lớp nhất - Phạm Văn Trọng & Phạm Thị Ngọc Dung) xuất bản năm 1966 viết về cuộc đảo chính này như sau:[1]

“

Sau hiệp định Genève, Ngô Đình Diệm nắm quyền ở miền Nam, đặt ra một chế độ độc tài tàn bạo. Ngày 1-11-1963, dưới sự lãnh đạo của Hội đồng Quân nhân Cách mạng, Quân đội lật đổ Ngô Đình Diệm. Toàn dân reo mừng, tin tưởng tương lai huy hoàng của tổ quốc. Một chính thể độc tài hại dân hại nước không thể tồn tại được

”

Nhà sử học Nguyễn Hiến Lê đã ghi lại lời những nhân chứng ở thời điểm đó:[64]

Từ 7 giờ sáng ngày 2 tháng 11 năm 1963, khi đài phát thanh Sài Gòn báo tin dinh Gia Long bị quân đội chiếm thì già trẻ lớn bé lũ lượt kéo nhau đi xem. Lời hò reo, tiếng cười vang với sắc diện tươi vui của mọi người chứng tỏ sự giải thoát gông cùm kềm kẹp của độc tài đã bóp nghẹt lòng dân trong chín năm trời đăng đẳng” - Bác sĩ Dương Tấn Tươi. Còn thi sĩ Đông Hồ thì: “Nỗi ức hiếp, nỗi căm hờn bị đè nén, bị vùi dập một cách tàn nhẫn bất công trong 9 năm trời, một sớm được giải thoát, được cởi mở, mà phản ứng chỉ có chứng ấy thì cho thấy quần chúng Việt Nam năm 1963 này cũng đã tỏ ra hiền lành nhiều lắm, và cũng đã biết tự kiềm hãm sức giận dữ hung hãn của mình rồi đó.”

Tuy nhiên, sau cuộc đảo chính tình hình chính trường Sài Gòn không được như chính quyền Hoa Kỳ mong muốn. Trong vòng 4 năm kể từ biến cố ngày 1 tháng 11 năm 1963 cho đến khi thành lập Đệ Nhị Cộng Hòa ngày 1 tháng 11 năm 1967, Việt Nam Cộng hòa đã liên tục trải qua hơn 10 cuộc đảo chính, 4 chính phủ lần lượt dựng lên rồi sụp đổ: Chính phủ Nguyễn Khánh (Quân nhân), Chính phủ Trần Văn Hương (Độc lập), Chính phủ Phan Huy Quát (Đại Việt), Chính phủ Nguyễn Cao Kỳ (Quân nhân).[65]

Người kế nhiệm John F. Kennedy, Tổng thống Lyndon B. Johnson (1963 - 1969) nhận xét:

“	Lúc đầu họ nói với tôi về ông Diệm. Ông ta tham nhũng và ông ta phải bị giết. Vì thế, chúng ta đã giết ông ta.... Bây giờ chúng ta không có sự ổn định chính trị từ lúc đó...	”
— Lyndon B. Johnson[66]

Trên nhật báo Công Luận số đặc biệt ngày 1 tháng 11 năm 1970 cựu Trung tướng Trần Văn Đôn, một trong những lãnh đạo của cuộc đảo chính năm 1963 đã lên tiếng qua bài "Những cơ hội đã mất".

“

"...Những người của ngày 1 tháng 11 năm 1963 đã thành công trong đảo chính, nhưng đã thất bại trong việc cầm quyền. Bị đặt trước những nhiệm vụ mới và lớn lao, lại không có kinh nghiệm cầm quyền, họ bị tình thế xô đẩy và tràn ngập trong các vấn đề phải giải quyết. Ngày 1 tháng 11 năm 1963 rút lại chỉ còn là một ngày đảo chính mở ra một giai đoạn lịch sử đầy hỗn loạn với bao nhiêu là bấp bênh: hết chỉnh lý lại đến đảo chánh, quyền hành chuyển từ tay nọ qua tay kia và xã hội càng ngày càng thiếu ổn định. Trong khi đó thì Cộng sản không ngừng phát triển chiến tranh..."[65]

”

Linh mục Cao Văn Luận tác giả hồi ký Bên Dòng Lịch sử Việt Nam, 1940-1975 nhận xét:

“

"Sự thanh toán ông Diệm và chế độ ông Diệm phải chăng là một sai lầm tai hại và nguy hiểm? Những hỗn loạn chính trị, những thất bại quân sự sau ngày 1 tháng 11 năm 1963 đã trả lời cho câu hỏi đó"[67]

”

Bí thư Lê Duẩn nhận xét:

“

"Để hòng cải thiện thể chế chính trị ngày càng tồi tệ, Mỹ đã vứt bỏ Diệm, Nhu. Nhưng Mỹ đã tính nhầm. Sau khi truất phế Ngô Đình Diệm, thế chính trị của bọn bù nhìn chẳng những không tốt lên mà còn xấu hơn nữa."[68]

”

Sau khi biết tin Ngô Đình Diệm bị lật đổ và ám sát, phát biểu của Hồ Chí Minh được thuật lại như sau "Tôi không thể nào tin người Mỹ lại ngu ngốc đến vậy"[69]

Bộ Chính trị Đảng Lao động Việt Nam nói rõ hơn:

“

Hậu quả của cuộc đảo chính ngày 1 tháng 11 sẽ trái với những tính toán của đế quốc Mỹ... Diệm là một trong số những nhân vật mạnh nhất chống lại nhân dân và Chủ nghĩa cộng sản. Tất cả những gì có thể làm nhằm cố gắng đè bẹp cách mạng đã được Diệm thực hiện. Diệm là một trong những tay sai có tài nhất của đế quốc Mỹ  ... Trong số những người chống cộng ở miền Nam Việt Nam hoặc đang lưu vong ở nước ngoài, không ai có đủ tài lực chính trị và khả năng làm người khác tuân phục. Do đó, chính quyền tay sai sẽ không thể vững bền. Cuộc đảo chính ngày 1 tháng 11 năm 1963 sẽ không phải là cuộc đảo chính cuối cùng.[69]

”